El objetivo principal de la alianza es aunar esfuerzos orientados a desarrollar acciones, proyectos de investigación y monitoreos que aporten al conocimiento de la estructura ecológica principal, las áreas protegidas y corredores biológicos del departamento asociado al cambio climático en lo que respecta a la conservación y uso de la biodiversidad y servicios ecosistémicos.
Elaborar y llevar a cabo un plan de trabajo conjunto que permita implementar el desarrollo del mismo; formular proyectos orientados al aporte de conocimiento para la recuperación de la estructura ecológica principal de las áreas protegidas y corredores biológicos, son algunas de las actividades a ejecutar durante los próximos cinco años.
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Igualmente, tienen la tarea de gestionar recursos para la ejecución de los proyectos que se ejecuten en el marco del convenio ante las instancias nacionales e internacionales, para su implementación.